Tytułowa Danger Mouse, która jest świetnym tajnym agentem, wraz ze swoim gapowatym pomocnikiem chomikiem Penfoldem, wykonują rozkazy szefa Pułkownika K. Danger Mouse z zapałem stara się wykonać powierzone mu zadanie, a zbiry z którymi musi walczyć, wsadzić za kratki. Jego najwięksi wrogowie to Baron Silas Greenback i jego sługa, Stilleto.